Формулировка проблемы: не соблюден «принцип наименьшего удивления» при реализации работы с окнами — поведение окон отличается от таковых в распространённых операционных системах (DE, WM).

Решение: Разделить отображаемые элементы на 4 логических части:

Поведение элементов должно быть следующим: диалоги Synergy могут перекрывать основную область модуля, не могут быть «свёрнуты» на «панель задач»; окна файлов и документов перекрывают диалоги Synergy и друг друга; при «сворачивании» окна файла или документа должны отображаться предыдущие открытые окна файлов или документов (если таковые имеются), затем диалоги (если таковые имеются) и затем основная область модуля. Кнопка «Домой» «сворачивает» все открытые окна на «панель задач». При открытии файлов или документов из диалогов, соответственно, окно файла или документа должно открываться на всю рабочую область и перекрывать породивший его диалог. Окна «трея» при открытии перекрывают все остальные окна.